T细胞,广泛中和抗体,抗病毒靶标的概况:COVID-19更新

2021年1月29日

2021年1月29日 I COVID-19可能会成为季节性的,与髓样免疫细胞相关的严重感染,已鉴定出冠状病毒的潜在致命弱点,在肺中合成的褪黑激素可能具有保护作用,并且在临床前试验中,普立体蛋白酶的表现优于瑞米地韦。加: 在COVID-19期间使用NSAID的时间取决于其危害或益处以及NAU来测试抗冠状病毒B117型变体药物。

 

研究新闻

COVID-19可能是季节性的像流感一样,建议在 进化生物信息学。该论文的作者表明,在其他流行病学指标中,COVID-19病例和死亡率与221个国家的气温和纬度显着相关。他们还解释说,我们自己的免疫系统可能是季节性模式的部分原因。例如,我们对流感的免疫反应会受到温度和营养状况的影响,其中包括维生素D,维生素D是我们免疫防御的关键营养素。研究人员补充说,现在还不能说在COVID-19的情况下季节性和我们的免疫系统如何相互作用。 DOI:10.1177 / 1176934321989695

SARS-CoV-2 独立进入俄罗斯至少67次根据一项新的研究,主要在2020年2月底和2020年3月初 自然通讯。该研究的研究人员使用了211个病毒基因组,这些基因组是在Smorodintsev流感研究所进行测序的,所有基因组都是从2020年3月中旬至2020年4月从俄罗斯25个地区的患者那里获得的。他们确定,绝大部分引种来自欧洲国家,没有登记到中国的引进案例,这归因于与中国的边界及时关闭。目前,俄罗斯有9种当地病毒谱系在流传,这在世界其他地方都没有。 DOI:10.1038 / s41467-020-20880-z

研究牵头 范德比尔特大学医学中心 发现了一个“proofreading”外切核糖核酸酶,称为nsp14-ExoN,可纠正产生病毒副本时复制过程中发生的RNA序列错误。他们认为这可能是 阿喀琉斯’冠状病毒的后跟,这一发现可能有助于关闭COVID-19,并有可能阻止未来的大流行。研究人员使用尖端技术和新颖的生物信息学方法发现,该ExoN还调节重组速率,这是冠状病毒改组其基因组部分甚至从其他病毒株中按顺序复制遗传物质的能力获得进化优势。这些重组模式在包括SARS-CoV-2在内的多种冠状病毒中都是保守的。他们认为,冠状病毒ExoN因此是正在进行的大流行中抑制和减毒的保守,重要靶标。这项研究发表在 PLOS病原体. DOI:10.1371 / journal.ppat.1009226

同样在 范德比尔特大学医学中心 (VUMC), researchers have 确定的遗传因素 那增加了 发生肺炎的风险 来帮助识别这种危及生命的并发症最高风险的COVID-19患者。研究人员对超过85,000名遗传信息存储在VUMC中的患者进行了全基因组关联研究(GWAS)’的BioVU生物库。他们确定了在欧洲血统的患者中有近9000例肺炎,在非洲血统的患者中则有1,710例。经过进一步分析,研究小组将导致囊性纤维化(CF)和欧洲血统的基因与导致非洲血统的镰刀状细胞病(SCD)的突变联系起来,认为这是最强的肺炎关联。在移除患有CF和SCD的患者后,他们随后确定了欧洲血统患者R3HCC1L基因的肺炎相关变异,非洲血统患者UQCRFS1基因附近的变异。他们认为,这些发现可用于识别具有严重肺炎高风险的患者,以便进行早期干预。他们已经在 美国人类遗传学杂志. DOI:10.1016 / j.ajhg.2020.12.010

肺中产生的褪黑素可抵抗SARS-CoV-2研究人员发现,这种蛋白能够阻断细胞中编码蛋白质的基因的表达,而这些基因是病毒的切入点。 S大学ão Paulo (美国药典)。因此,这种激素可以防止病毒感染这些细胞并抑制免疫反应,从而使病毒在呼吸道中停留几天,然后离开宿主。他们使用RNA测序数据来量化来自健康人肺的288个样本中212个COVID-19签名基因的表达水平。研究人员将这些基因表达水平与一个基因指数相关联,该基因指数估计了肺合成褪黑激素的能力(MEL指数)。然后,他们能够确定当MEL指数较高时,肺中病毒的入口点已关闭,反之亦然。该研究小组认为,经鼻给予褪黑激素可预防有症状的COVID-19患者的疾病发展。这项研究发表在 褪黑素研究. DOI:10.32794 / mr11250090

在一项新研究中,发表于 Cell 报告书Medicine, 拉霍亚免疫研究所 (LJI)研究人员建议 T细胞可对许多SARS-CoV-2目标发起攻击,超出病毒的关键站点’穗蛋白。他们认为,通过从多个角度攻击病毒,人体有能力识别不同的SARS-CoV-2变体. 研究人员检查了从COVID-19中恢复的100人的T细胞,仔细研究了病毒的遗传序列,以将潜在的表位与这些T细胞可以识别的表位分开。他们的分析表明,并非病毒的所有部分都能在每个人中诱发相同的强免疫反应,并且T细胞可以识别出SARS-CoV-2上数十个因人而异的表位。他们确定每个研究参与者都具有识别约17个CD8 + T细胞表位和19个CD4 + T细胞表位的能力。 DOI:10.1016 / j.xcrm / 2021/100202

约翰·霍普金斯医学 研究人员,与 免疫景观,已发布了完整的 T细胞反应 从SARS-CoV-2感染中恢复过来的人。该论文发表于 临床研究杂志更好地定义了哪些T细胞与SARS-CoV-2病毒的特定部分相互作用,以及这些相互作用如何提供针对COVID-19的持久免疫力。研究人员收集了30份血液样本 恢复期患者 他们从轻度的COVID-19病例中恢复过来,美国新加坡生物技术公司Immunoscape小组使用其高度敏感的人白细胞抗原(HLA)-SARS-CoV-2四聚体来标记和鉴定可识别病毒的CD8 +类型T细胞。研究人员发现,随着恢复血浆中中和抗体水平的提高,识别SARS-CoV-2表位的记忆CD8 + T细胞的数量也随之增加。他们认为这意味着对再感染的持久保护,而这种知识将指导COVID-19疫苗设计产生强大的免疫反应,从而可以提供多年的保护。 DOI:10.1172 / JCI145476

严重COVID-19患者 有显着 高架 血液中某种免疫细胞的水平 单核细胞来源的抑制细胞 (M-MDSC),根据在 临床研究杂志. 卡罗林斯卡学院 研究人员研究了147例轻度至致命的COVID-19患者,这些患者是从血液和呼吸道中反复取样的。然后将这些样本与患有流感和健康个体的患者进行比较。他们发现,与轻度病例和健康参与者相比,重度COVID-19的患者血液中M-MDSC的含量明显更高。与表现出功能受损迹象的健康个体相比,COVID-19患者的血液中T细胞也更少。此外,他们的分析表明,感染过程早期的M-MDSCs水平似乎反映了随后的疾病严重程度。 DOI:10.1172 / JCI44734

研究人员设计了一个 抗体 有效地中和了SARS-CoV-2,并且 对抗多种SARS样病毒。他们的抗体 ADG-2在老鼠中进行了研究。为了工程化这种广泛中和的抗体(bnAb),研究人员从2003年SARS幸存者的记忆B细胞中产生的抗体开始,该抗体以中等效力交叉中和了多种SARS相关病毒。然后,他们选择性地设计了其中几种bnAb的结合亲和力,从而提高了其结合病毒的能力。然后,研究人员研究了工程抗体在小鼠细胞系中的SARS-CoV-2中和活性。 ADG-2特别有效。它显示出与十几种SARS相关冠状病毒的广泛结合活性。这项研究发表在 科学. DOI:10.1126 / science.abf4830

瘦素 显示了一个 抗SARS-CoV-2的有效功效 在临床前试验中,其表现优于抗病毒药物瑞姆昔韦。这些结果发表在 科学的研究表明,在人类细胞中的研究表明,普立体蛋白酶具有强大的抗SARS-CoV-2活性:在同一细胞系中进行测试时,其抗逆转录活性比雷姆昔韦高27.5倍。在人肺细胞模型中,普利胃蛋白酶大大降低了病毒复制。在进一步的体外实验中,研究人员认为,普利体蛋白酶与瑞普韦同时还与瑞米地韦联用,与批准的药物具有加和作用,有望成为联合疗法的潜在候选药物。该研究文章的作者认为,这种有前途的治疗方法在治疗多发性骨髓瘤方面具有有限的临床批准,因此应强烈考虑用于治疗COVID-19的扩展临床试验。 DOI:10.1126 / science.abf4058

俄勒冈健康& 科学 University (OHSU)研究人员证明 SARS-CoV-2病毒产生的抗体会与其他菌株反应 冠状病毒,反之亦然。他们确定,但是,由2003年SARS爆发产生的抗体在中和SARS-CoV-2方面的作用有限。研究人员认为,这些发现对疫苗的有效性和COVID-19的诊断都有影响。他们认为,鉴于突变的速度,需要做更多的工作来确定COVID-19疫苗的持久有效性。研究小组认为,他们的研究还表明,通过分析血液中的抗体来准确识别先前的COVID-19感染的努力可能会因为抗体与其他冠状病毒株(包括普通感冒)起反应而变得复杂。这项研究发表在 细胞报告. DOI:10.1016 / j.celrep.2021.108737

一种新的方法 绘制病毒突变图 逃避了针对COVID-19的领先临床抗体,发现SARS-CoV-2病毒发生了突变,可以逃避治疗,包括单个氨基酸突变, 完全逃脱再生元’s 抗体 cocktail. 华盛顿大学 研究人员和同事开发了这种扫描方法,以绘制出受体结合域(RBD)的突变如何影响抗体识别的信息。他们的图谱鉴定了逃避抗体结合的突变,包括逃脱了Regeneron抗体混合物中两种抗体的单一突变。为了进一步调查,研究小组检查了来自持续感染患者的深度测序数据,该患者在诊断为COVID-19后第145天接受了抗体混合物的治疗,他们的分析确定了患者中产生的耐药性突变。此外,研究人员检查了截至2021年1月中旬所有可用的人源性SARS-CoV-2序列后,研究人员报告了相当数量的RBD突变,它们逃逸了一种或多种循环中的抗体。该论文发表于 科学. DOI:10.1126 / science.abf9302

莫纳什大学 研究人员发现 两个新分子 提供 深刻的保护 在实验模型中 哮喘以及免受 急性呼吸窘迫综合征 (ARDS)在某些严重COVID-19的患者中可见。在最初旨在研究免疫系统如何影响肠道细菌的研究中,研究人员发现,肠道细菌副产物对甲酚硫酸盐(PCS)可以显着预防哮喘。然后,他们确定PCS是通过增强L-酪氨酸的细菌代谢而产生的,L-酪氨酸是膳食补充剂中一种众所周知的氨基酸。研究人员发现,给予L-酪氨酸或PCS的小鼠对肺部炎症具有明显的保护作用,并具有抗ARDS的保护作用。研究人员现在的目标是今年在哮喘病的临床试验中测试一种分子。这些新发现发表在 自然免疫学. DOI:10.1038 / s41590-020-00856-3

非甾体类抗炎药 (NSAID) 减少抗体和炎症反应 一项针对小鼠SARS-CoV-2感染的新研究发现 病毒学杂志。该研究的作者强调指出,在COVID-19期间使用NSAID的时机很重要。他们解释说NSAID’抗炎活性可能在SARS-CoV-2感染早期有害,因为在此阶段炎症通常是有帮助的。这会在COVID-19的后期改变,特别是如果患者经历了称为细胞因子风暴的强烈炎症。研究人员还注意到,由NSAID引起的中和抗体减少可能是良性的,或者可能会阻碍免疫系统’在早期阶段抵抗感染的能力。它也可以减少对自然感染或疫苗接种的保护程度或持续时间。 DOI:10.1128 / JVI.00014-21

研发出感染SARS-CoV-2的恒河猴 保护性免疫反应 那可能是 疫苗复制据加州大学戴维斯分校(UC Davis)研究人员介绍。该小组用从第一例接受治疗的人类患者中分离出的SARS-CoV-2病毒感染了加利福尼亚国家灵长类动物研究中心(CNPRC)的八只恒河猴。 加州大学戴维斯分校,他们在两周内跟踪了猴子的免疫反应。这些动物表现出持续免疫的迹象,最重要的是,在肺附近的淋巴结中形成了称为生发中心的结构。这些生发中心包含称为T卵泡辅助细胞(Tfh)的细胞。研究人员解释说,生发中心和Tfh细胞与产生浆细胞有关,浆细胞会在体内保留多年,以产生针对免疫系统以前见过的病原体的抗体。他们认为这些结果表明,诱导这种反应的疫苗将支持针对COVID-19的免疫力。这项研究发表在 自然通讯. DOI:10.1038 / s41467-020-20642-x

从中康复的患者 严重COVID-19感染 可能会留下 更多保护性T细胞 需要抗击感染,找到了一个由 拉霍亚免疫研究所 (LJI)。对于他们的研究,发表于 科学免疫学,研究小组分析了39位COVID-19患者和10位从未接触过该病毒的个体的CD8 + T细胞。在COVID-19患者中,有17例轻症不需要住院,有13例已经住院,有9例需要重症监护。 出乎意料的是,研究人员在轻度COVID-19病例中发现CD8 + T细胞应答较弱,而在需要住院或重症监护的患者中CD8 + T细胞应答最强。该小组现在希望研究在肺等SARS-CoV-2打击最严重的组织中的T细胞对病毒的反应。他们解释了这一点的重要性,因为提供长期免疫力的记忆T细胞需要活在组织中。 DOI:10.11260 / sciimmunol.abe4782

在发表于 科学信号,科学家发现SARS-CoV-2可能通过利用 新鉴定的序列 在细胞受体内。他们还暗示,这些序列可能潜在地成为针对COVID-19的新疗法的靶标。在分析了真核线性基序数据库之后,科学家团队发现ACE2和各种受体包含多种 短线性图案 他们预测(SLiMs)或小的氨基酸序列在胞吞作用和自噬或人类细胞进入和细胞管家中起作用。研究小组确定ACE2中的两个SLiM与胞吞作用相关蛋白结合,而整联蛋白beta-3中一个SLiM(β3)与参与自噬的两种蛋白质结合。他们认为,他们的预测模型可以帮助识别类似的SLiM,这些SLiM不仅可以复制SARS-CoV-2,而且可以复制引起疾病的其他病毒。 DOI:10.1126 / scisignal.abd0334

俄亥俄州大学 研究人员发表了对COVID-19病毒RNA的一部分进行的首次结构生物学分析 茎环II基序,他们认为这可能是 潜在目标 用于抗病毒药物以对抗病毒。研究小组确定了RNA的这一非编码部分,这可能是SARS-CoV-2复制的关键。有趣的是,他们确定这种非编码RNA基序的结构灵活性与2000年代初SARS-CoV爆发时相比仅相差一个核苷酸,并且该团队还确定了FDA批准的结合RNA基序并改变其RNA的药物。灵活性。由于非编码RNA的结构和柔韧性会影响其功能,因此研究人员建议开发专门针对该RNA基序与病毒对抗的抗病毒药物是可能的。这项研究发表在 生化与生物物理研究通讯. DOI:10.1016 / j.bbrc.2021.01.013

先天免疫 可能在 控制SARS-CoV-2病毒载量 一项新的研究表明 ACS药理学&转化科学。该研究的研究人员开发了一种数学模型,该模型可以预测表达ACE2受体的器官随时间的病毒载量,从而使SARS-CoV-2进入人体细胞。然后,他们使用该模型模拟不同条件,以确定先天免疫在控制病毒载量中的关键作用。研究人员建议在COVID-19症状发作后尽快开始抗病毒或干扰素治疗的重要性。 DOI:10.1021 / acsptsci.0c00183

 

行业新闻

保健疗法 丹麦的计划进一步测试 替多巴,它的Poly ADP-核糖聚合酶(PARP)抑制剂 B.1.1.7变体 SARS-CoV-2。 Stenoparib是一种小分子靶向靶向PARP抑制剂,PARP是一种在肿瘤中活跃的关键DNA损伤修复酶,最初由制药公司Eisai开发。先前针对SARS-CoV-2进行的临床前研究结果表明,司丹帕比单药可抑制SARS-CoV-2,并且司丹帕比与瑞贝昔韦联用可在体外抑制冠状病毒。现在,Allarity将与 北亚利桑那大学’的病原微生物学研究所(PMI)测试了司替那贝具有类似能力来阻止冠状病毒变异B117的感染和复制。 新闻稿

清除实验室 宣布提供 清晰的Dx全基因组测序 (WGS),第一个自动WGS解决方案,只需不到几分钟的操作时间,即可在不到24小时的时间内确定SARS-CoV-2基因组的完整RNA序列。清除Dx™该平台由下一代测序(NGS),机器人技术和基于云的分析提供支持,因此,他们的WGS可以通过区分病毒株和监控导致变异的突变,更轻松地确定病毒传播的性质。除了WGS之外,该平台还具有获得EUA的Clear Dx SARS-CoV-2诊断检测功能,该功能可使实验室同时进行诊断筛查和基因组监测。 新闻稿